Укоренение и бутстрэп филогенетического дерева

1. Укоренение в среднюю точку

Для укоренения дерева, построенного JalView не подходит MEGA, поэтому такую операцию нужно провести с пакета PHYLIP.

Пакет PHYLIP на ввод получил файл intree

На выходе был получен файл outtre, который затем использовался программой MEGA для построения укорененного дерева.

Сравнение правильного и укорененного в среднюю точку дерева:

Ветви, присутствующие в обоих деревьях: {STAES, STAAR}, {BACSU, GEOCA} и {BACSU, GEOCA, LISMO}. Дерево укоренено не в правильную точку.

Укоренение произошло неверно и построенное Jalview дерево не является правильным на 100%, хотя часть ветвей верна.

2. Использование внешней группы

Другой способ укоренить дерево заключается в добавлении к нему внешней группы (в моём случае это енолаза кишечной палочки) и реконструирование методом максимальной экономии.

После реконструкции дерева нужно в меню Subtree выбрать функцию Root и указать в качестве корня ветвь, ведущую к ENO_ECOLI. Затем ветвь с ENO_ECOLI удаляется кнопкой кнопкой "Show Subtree Separately".

Сравнение правильного и укорененного дерева:

Нетривиальная ветвь {CLOTE, LACAC} против {ENTFA, FINM2, LISMO, BACSU, GEOKA, STAAR, STAES} реконструирована неправильно, так как мы не можем быть уверены в результатах (она верна только в 53% рассмотренных случаях). Аналогично и для листа ENO_LISMO}.

3. Бутстрэп

Сравнение "Original tree" и "Bootstrap consensus tree"? полученных методом наибольшего правдоподобия

Топология данных деревьев одинаковая